В 1988 г. сотрудниками только что созданного музея были приобретены первые музейные предметы. Так начал формироваться музейный фонд. На данный момент фонд историко-культурного музея-заповедника "Заславль" насчитывает 12282 единицы основного и 4711 единицы научно-вспомогательного фонда. В 1989 г. происходили наиболее значительные поступления. Они послужили базой для формирования структуры фонда. Сегодня музейный фонд состоит из основного фонда, научно-вспомогательного и фонда временных поступлений. В свою очередь основной фонд делится на 22 коллекции. Самой большой в фондах музея-заповедника является коллекция археологии. Она насчитывает более 3700 единиц основного фонда. В данную коллекцию вошли главным образом предметы, переданные музею Юрием Афанасьевичем Зайцем во время проведения археологических раскопок как в самом городе Заславле, так и в его окрестностях (раскопки проводились в 1967-1986 гг.). Это разнообразные фрагменты посуды Х-ХVIII в., плитки XVI-XVIII вв., железные изделия (ножи, гвозди, орудия труда, оружие), шыферные прослицы, фрагменты амфор, костяные изделия (X-XII в.), украшения (браслеты, перстёнки, бусы, височные кольца) X-XI в. и XII-XIV в.

Второй по количеству предметов и хорошо укомплектованной является коллекция ткачества. В нее вошли предметы, приобретенные у населения во время экспедиций в Брестскую, Витебскую, Гродненскую области. Затем коллекция пополнялась предметами, которые бытовали в Заславле и его окрестностях. В наше время количество предметов ткачества в фондах насчитывает около 1000 единиц.

Коллекция ”Керамика" насчитывает более 700 предметов. Она выделяется большим разнообразием: горшки, кувшины, банки, гляки, миски, макитры. Наиболее представлены Брестская и Гродненская области, куда чаще всего направлялись первые экспедиции. В наши дни коллекция пополняется предметами из Заславля и его окрестностей. Также в фондах музея-заповедника представлена продукция Ивенецкого керамического завода и керамического завода “Радошковичи”.

Разнообразной по тематике собранных предметов является коллекция "Декоративно-прикладное искусство": гобелены, художественные изделия из соломы, дерева, кости, рога, камня, фарфор, фаянс, художественная керамика, стекло, игрушки.

Широкую известность приобрела коллекция расписных ковров. Их сбор начался в 1988 г. с приобретения у А.А. Марочкина произведений Я.Н. Дроздовича. На протяжении следующих десяти лет предпринималось ряд экспедиций на Витебщину - основной регион, где расписные ковры были наиболее распространены. Сегодня музей владеет самой большой среди белорусских музеев коллекцией расписных ковров - 130 единиц, из которых 30 ковров Я.Н. Дроздовича. Также в фондах музея-заповедника находится единственная в Беларуси коллекция ковров Елены Киш (11 единиц).

В фондах музея-заповедника в коллекциях "Живопись" и "Графика" хранятся художественные произведения В.П. Марковца, В.П. Стащанюка, Г.Х. Ващенки и других художников. На данный момент коллекции насчитывают более 600 и 260 единиц соответственно.

Процесс комплектации фондов историко-культурного музея-заповедника "Заславль" продолжается. Созданы новые коллекции: "Транспортные средства и упряжь" и "Собрание предметов с пожара Спасо-Преображенской церкви".