У 1988 г. супрацоўнікамі толькі што створанага музея былі набыты першыя музейныя прадметы. Так  пачаў фарміравацца музейны фонд. У наш час фонд гісторыка-культурнага музея-запаведніка “Заслаўе” налічвае 12282 адзінкі асноўнага і 4711 адзінак навукова-дапаможнага фонду. У 1989 годзе былі зроблены найбольш значныя паступленні. Яны паслужылі базай для фарміравання структуры фонду. На сённяшні дзень музейны фонд складаецца з асноўнага фонду, навукова-дапаможнага і фонду часовых паступленняў. У сваю чаргу асноўны фонд падзяляецца на 22 калекцыі. Самай вялікай у фондах запаведніка з’яўляецца калекцыя археалогіі. Яна налічвае звыш за 3700 адзінак асноўнага фонду. У дадзеную калекцыю ўвайшлі галоўным чынам прадметы, якія перадаў музею Юрый Апанасавіч Заяц пад час правядзення археалагічных раскопак як у самім горадзе Заслаўі, так і ў яго ваколіцах (раскопкі праводзіліся з 1967 г. па 1986 г.). Гэта разнастайныя фрагменты посуду Х-ХVІІІ стст., кафлі ХVІ-ХVІІІ стст., вырабы з жалеза (нажы, цвікі, прылады працы, зброя), шыферныя прасліцы, фрагменты амфар, касцяныя вырабы (Х-ХІІ ст.), упрыгожванні (бранзалеты, пярсцёнкі, пацеркі, скроневыя кольцы) Х-ХІ ст. і ХІІ-ХІV ст.

Другой па колькасці прадметаў і добра ўкамплектаванай з’яўляецца калекцыя ткацтва. У яе ўвайшлі прадметы, набытыя ў насельніцтва пад час экспедыцый у Брэсцкую, Віцебскую, Гродзенскую вобласці. Затым калекцыя папаўнялася прадметамі, якія бытавалі ў Заслаўі і яго наваколлі. У наш час колькасць прадметаў ткацтва ў фондах налічвае каля 1000 адзінак.

Калекцыя “Кераміка” налічвае больш за 700 прадметаў. Яна вылучаецца вялікай разнастайнасцю: гаршкі, збаны, слоікі, глякі, міскі, макітры. Найбольш прадстаўлены Брэсцкая і Гродзенская вобласці, куды найчасцей накіроўваліся першыя экспедыцыі. У наш час калекцыя папаўняецца прадметамі з Заслаўя і яго ваколіц. Таксама ў фондах музея-запаведніка прадстаўлена прадукцыя Івянецкага керамічнага завода і керамічнага завода “Радашковічы”.

Разнастайнай па тэматыцы сабраных прадметаў з’яўляецца калекцыя “Дэкаратыўна-прыкладное мастацтва”: габелены, мастацкія вырабы з саломы, дрэва, косці, рога, каменю, фарфор, фаянс, мастацкая кераміка, шкло, цацкі.

Шырокую вядомасць набыла калекцыя маляваных дываноў. Збор іх пачаўся ў 1988 г. з набыцця ў А.А. Марачкіна твораў Я.Н. Драздовіча. На працягу наступных дзесяці гадоў быў прадпрыняты шэраг экспедыцый на Віцебшчыну – асноўны рэгіён,  дзе былі найбольш распаўсюджаны маляваныя дываны. На сённяшні дзень  музей мае самую буйную сярод музеяў Беларусі калекцыю маляваных дываноў – 130 адзінак, з іх 30 дываноў  Я.Н. Драздовіча. Таксама ў фондах музея-запаведніка знаходзіцца адзіная на Беларусі калекцыя дываноў Алены Кіш (11 адзінак).

У фондах музея-запаведніка ў калекцыях “Жывапіс” і “Графіка” захоўваюцца  мастацкія творы В.П. Маркаўца, В.П. Сташчанюка, Г.Х. Вашчанкі і іншых мастакоў. У наш час калекцыі налічваюць больш за 600 і 260 адзінак адпаведна.

Працэс камплектавання  фондаў гісторыка-культурнага музея-запаведніка “Заслаўе” працягваецца. Створаны новыя калекцыі: “Транспартныя сродкі і вупраж” і “Збор прадметаў з пажару Спаса-Праабражэнскай царквы”.